産業振興公社では、以下の8つの連携協定 (12機関) を結んでいます。
産業振興公社は、中小企業支援に係るワンストップサービスの拠点として、沖縄県の中小企業の中核的支援機関として位置づけられております。また、県内の各事業支援機関と連携体制を構築するために、県内の中小企業支援に係る２4団体から成る「沖縄県プラットフォーム推進協議会」を設置し、あらゆる支援機関へアクセスできる体制を整備しています。
このような中、産業振興公社では、県内の以下の4機関については、個別に連携協定を締結することにより、お互いの持つリソース（人材、情報など）を持ち寄り、両機関の強みを生かした連携を行なっています。
また、経済交流・技術交流を活性化させることを目的とし、県外・海外の機関とも連携協定を締結しています。
これらの協定を結ぶことによって、公社が実施する幅広い事業が、より効果的に実施できるようになります。